Los órganos de gobierno y administración de la Mancomunidad son: La Junta Plenaria, la Presidencia y la Junta de Gobierno.
La Junta Plenaria
Es el órgano supremo colegiado de gobierno y administración de la Mancomunidad, equivalente al Pleno del Ayuntamiento. Sus atribuciones se inscriben en los ámbitos de las potestades normativas, de la dirección y planificación y del control y fiscalización de los restantes órganos de gobierno. Está integrada actualmente por dieciocho concejales y concejalas designados por los Plenos de los Ayuntamientos mancomunados, en función de la población del respectivo municipio, de conformidad con los Estatutos de la Mancomunidad, siendo presidida por quien ejerza el cargo de Presidente de la Mancomunidad.
La Presidencia
Es un órgano unipersonal equivalente al Alcalde del Ayuntamiento. Sus atribuciones se inscriben en los ámbitos ejecutivos de la gestión y administración. Es elegido por la Junta Plenaria de entre sus miembros, de conformidad con los Estatutos de la Mancomunidad. El actual Presidente de la Mancomunidad es D. Gorka Zubiaurre Sasía (EAJ – PNV).
La Junta de Gobierno
Es un órgano colegiado, equivalente a la Junta de Gobierno Local de los Ayuntamientos, compartiendo atribuciones propias con el Presidente o delegadas por éste o por la Junta Plenaria, que se inscriben en los ámbitos de la gestión y administración. Está constituida por ocho concejales y concejalas elegidos por la Junta Plenaria, a razón de uno por cada Municipio miembro de la Mancomunidad (a excepción de Barakaldo que son dos) y es presidida por quien presida la Mancomunidad.
La Comisión para Asuntos de la Junta Plenaria y Especial de Cuentas (CAPEC)
Otros órganos políticos o directivos
El Vicepresidente
Es un órgano unipersonal equivalente al Primer Teniente de Alcalde del Ayuntamiento, cuya función exclusiva es sustituir al Presidente en los casos de fallecimiento, ausencia o enfermedad. Es nombrado por la Junta Plenaria de entre sus miembros. En la actualidad es Vicepresidente D. Iker Villalba Batalla (PSE-EE PSOE).
El Secretario
Es un funcionario directivo equivalente al Secretario del Ayuntamiento con las mismas funciones, debiendo pertenecer a la Escala de Funcionarios de Administración Local con Habilitación de carácter estatal, Subescala Secretaría y desempeñar el puesto en alguno de los Ayuntamientos mancomunados. Forma parte de la Junta Plenaria y de la Junta de Gobierno para el ejercicio de la fe pública y el asesoramiento jurídico. En la actualidad ejerce el puesto D. Alvaro Llorente Crespo, Secretario General del Ayuntamiento de Barakaldo.
La Interventora
Es una funcionaria directiva equivalente a la Interventora del Ayuntamiento con las mismas funciones, debiendo pertenecer a la Escala de Funcionarios de Administración Local con Habilitación de carácter estatal, Subescala Intervención y desempeñar el puesto en alguno de los Ayuntamientos mancomunados. Forma parte de la Junta Plenaria y de la Junta de Gobierno para el ejercicio del asesoramiento económico-presupuestario. En la actualidad ejerce el puesto Dª. Sonia Pérez Blanco, Tesorera del Ayuntamiento de Barakaldo.
El Director Técnico
Es un funcionario directivo del grupo A, subgrupo A 2, de la Ley que regula el Estatuto Básico del Empleado Público, para el ejercicio de las funciones técnico-administrativas que deban desarrollarse para el cumplimiento de los fines de la Mancomunidad y le encomienden sus órganos político-administrativos. Ejerce el puesto D. Roberto Galíndez del Río, Ingeniero Industrial Superior.